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Problem ist nun, dass ich meine zweite Partition nicht mehr sehe.
Welche zweite ist gemeint?
Da sind drei Partitionen, die größte (#2) als Linux-System, die letzte (#3) dürfte swap sein (4GB?), die erste eine kleine /boot. Falls dir noch eine abgeht, war das vermutlich die #2 mit dem vorigen System drauf.
Ansonsten kann ich mir die Differenz von rund 37GB zwischen Gparted und Kommando df nicht erklären.
Was ich mir noch weniger erklären kann, sind die unterschiedlichen UUIDs auf den screenshots.
Wie hast du dieses Upgrade genau durchgeführt?