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Zitat von »ubi«

Entweder meckert er, dass die boot Partition separat angelegt werden muss, da sie nicht verschlüsselt werden kann

Das ist logisch. Irgendwoher muss ja ein unverschlüsselter Kernel geladen werden, damit der Rechner überhaupt etwas booten kann. Der Kernel kümmert sich dann um das Entschlüsseln, entweder des ganzen Systems oder eben nur der home- oder anderer eingerichteter Partitionen.
Da in der boot-Partition nur der Kernel, seine Ramdisk mit den notwendigesten Treibern und Hilfsprogrammen [u. a. zur Entschlüsselung...], ein paar Hilfsdaten des Bootloaders und vielleicht noch so Kleinkram wie Bootsplash-Bilder herumliegen, braucht man daraus auch kein großes Geheimnis machen.

Zitat von »ubi«

oder eine andere Meldung kommt.

Die wären interessant, wenn es auf dem üblichen Weg nicht klappt.

Natürlich ist so eine Installation machbar. Ich bilde mir ein, daß das der Installer auch einrichten kann. Aber da ich ihn kaum verwende kann ich dir nicht sagen, wo du diese Punkte findest.

Im Prinzip hättest du zwei Möglichkeiten:
a) einzelne Partitionen anlegen und nach Belieben einzeln verschlüsseln. Dann allerdings musst du beim Hochfahren für jede die Passphrase eingeben. Dafür könnten die sogar unterschiedlich sein.
b) eine unverschlüsselte /boot-Partition (und bei Bedarf weitere unverschlüsselte), sowie eine verschlüsselte für den Rest. In dieser legst du mit LVM beliebige "Logical Volumes" an, die dann entsprechend ins Dateisystem eingebunden werden. Dazu kann ohne Probleme auch das Wurzelsystem gehören. (Nehme an, daß du das mit "/root" gemeint hast.)

Die zweite Variante ist auf jeden Fall bequemer im Gebrauch und LVM bietet auch zusätzliche Vorteile. Du kannst später beliebig Volumes hinzufügen oder löschen, vergrößern oder verkleinern. EInes Tages wirst du das zu schätzen wissen. Einmal wenn du merkst, daß du dich bei der ursprünglichen Einteilung verschätzt hast, aber spätestens, wenn du vor einem System-Upgrade durch Duplikation des alten Systems ein Fallback in petto hast. Wenn das Upgrade schiefgeht oder das neue System nicht rund läuft, kommen nämlich immer die Fragen nach der Möglichkeit eines Downgrades. Und die hast du dann, im Gegensatz zu den meisten Usern. Ich lege meine Systeme übrigens genauso an.

Wie gesagt, eigentlich sollte der Installer das können. Schau nach "verschlüsseltes LVM-System" oder so ähnlich. Wenn du es nicht findest, kann man die Vorarbeit auch manuell machen.