Du bist wahrscheinlich als normaler User einegloggt und hast dich mit "su" zu root gemacht!?
Das Problem ist, daß root kein Recht hat, Fenster zu öffnen. An einfachsten ist es, wenn du dir "sux" installierst und dann mit "sux" root wirst. sux sorgt selbst dafür, daß die Einstellungen entsprechend angepasst werden.