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Für ein deb-Paket brauchst du den Quellcode des Programms. Wenn du den hast, kannst du es für die Zielmaschine kompilieren. Danach ein deb-Paket daraus zu bauen, ist eine Fleißaufgabe die nur Sinn hat, wenn der Quellcode weiterentwickelt wird. Dann kannst du nach einem neuen Durchlauf das Update über die Paketverwaltung machen, anstatt die alte Version manuell gegen die neue ersetzen zu müssen.

Wenn du an den Quellcode nicht herankommst, und so klingt deine Beschreibung, wäre die einfachste Variante sich die installierten Dateien von der Paketverwaltung auflisten zu lassen und alles in ein ZIP zu archivieren. Das setzt natürlich voraus, daß das Programm über die Paketverwaltung installiert war.

In beiden Fällen gilt:
Wenn am Zielrechner nicht die gleiche OS-Version läuft, ist die Wahrscheinlichkeit hoch, daß etliche shared libraries nicht oder nicht in der benötigten Version vorliegen. Dann wird's schwierig. Die könntest du vorher auch noch zusammensuchen (eher mühsam) und mit transferieren. Um Konflikte zu vermeiden, müssten die aber separat abgelegt und vom Programm referenziert werden. Das könnte sich eventuell mit "stow" o.ä. Anwendungen lösen lassen.